中国医学科学院肿瘤医院深圳医院作为深圳市唯一的甲等肿瘤专科医院，其重点专科包括以下优势学科：
一、核心肿瘤专科
1. 肿瘤内科
深圳地区规模最大、覆盖瘤种最全面的肿瘤内科，医疗指标在同级别医院中领先，辐射全国患者。
广东省临床重点专科，擅长肺癌、消化道肿瘤等个体化精准治疗，引进王洁教授团队推动免疫治疗和靶向治疗发展。
2. 胃肠外科
专注于、胃十二指肠、结直肠等腹部肿瘤的微创手术和综合治疗，是中国抗癌协会相关专业委员会成员单位。
3. 胸外科
深圳市“三名工程”重大项目，依托国家癌症中心开展高难度胸腔镜及机器人手术，肺段切除等技术达国际水平。
4. 妇科
深圳唯一妇科肿瘤综合治疗中心，承担多项国家级科研项目，团队由50余名医护人员组成。
5. 泌尿外科
粤港澳大湾区知名专科，以微创技术治疗前列腺癌、肾癌、膀胱癌，引进叶章群教授团队提升诊疗水平。
二、特色专科
头颈外科：首批建院科室，开展甲状腺、喉癌等肿瘤的3D打印修复手术及美容切口技术。
骨科：华南首家专注骨与软组织肿瘤的专科，诊疗水平国内先进。
放射治疗科：配备TOMO、射波刀等先进设备，提供精准放疗技术。
三、其他优势科室
肝胆外科、乳腺外科、神经外科等均依托总院资源开展高难度手术。
医院二期扩建后将新增1200张床位和8台直线，进一步提升专科服务能力。
