什么是拷贝数
拷贝数是指某基因或DN段在基因组中的存在个数。在正常人类基因组中:
常染色体上的基因通常是双拷贝(每个基因有两个副本)
性染色体上的基因拷贝数因性别而异(如男性X染色体基因为单拷贝)
线粒体DNA(mtDNA)是单拷贝
拷贝数变异(CNV)是指长度≥50bp的基因组片段拷贝数增加或减少,表现为亚显微水平的缺失或重复。这种变异在人类基因组中广泛分布,丰富了遗传变异的多样性。
拷贝数与肿瘤的关系
1. 肿瘤发生机制:
拷贝数变异若发生在肿瘤相关基因序列内部或周围,可能引起癌基因激活或抑癌基因失活,最终导致肿瘤发生
全基因组复制(WGD)和染色体不稳定(CIN)等拷贝数变异在肿瘤转移中可能比点突变更重要
2. 临床应用:
拷贝数分析可帮助区分肿瘤中的恶性亚群和正常亚群
监测CAR-T细胞治疗中的载体拷贝数(VCN)对评估治疗安全性和有效性至关重要
染色体拷贝数变异与某些肿瘤预后相关,如神经母细胞瘤中的1p缺失
3. 检测技术:
常用方法包括二代测序(NGS)、基因芯片(CMA)和数字PCR等
单细胞转录组拷贝数分析(inferCNV)是研究肿瘤异质性的重要工具
4. 线粒体DNA拷贝数:
肿瘤常积累线粒体DNA(mtDNA)的突变和拷贝数改变,影响细胞代谢、凋亡等过程
- mtDNA拷贝数和基因型的细胞间变异程度可能影响肿瘤表型和进化