肿瘤纯度什么意思 estimate肿瘤纯度

抗肿瘤食物 2025-07-07 09:29抗肿瘤食物wwww.zhongliuw.cn

肿瘤纯度(Tumor purity)是指肿瘤样本中癌细胞所占的比例,反映了肿瘤组织中非肿瘤成分(如基质细胞、免疫细胞等)的混杂程度。高纯度样本中癌细胞占比更高,而低纯度样本则含有较多非肿瘤细胞成分。

关于ESTIMATE算法计算肿瘤纯度的方法:

1. 核心原理

ESTIMATE(Estimation of STromal and Immune cells in MAlignant Tumours using Expression data)通过分析基因表达数据,识别基质细胞和免疫细胞的特征基因集(各141个基因),分别计算:

  • 基质评分(Stromal score):反映肿瘤组织中基质细胞的含量;
  • 免疫评分(Immune score):评估免疫细胞浸润程度;
  • ESTIMATE评分:综合前两者推断肿瘤纯度,评分越低表示纯度越高。
  • 2. 应用场景

  • 适用于转录组数据(如RNA-seq或芯片数据);
  • 已广泛应用于TCGA等大型肿瘤数据库的分析。
  • 3. 与其他方法的对比

  • 基于甲基化数据:如InfiniumPurify R包;
  • 基于拷贝数变异:如ABSOLUTE、Sequenza工具。
  • ESTIMATE的优势在于无需额外实验数据,仅需基因表达谱即可快速评估肿瘤微环境组成,但其准确性依赖于特征基因集的适用性。

    上一篇:肿瘤不能割掉肿瘤不能手术了是啥意思 下一篇:没有了

    Copyright@2015-2025 肿瘤网版板所有