肿瘤纯度什么意思 estimate肿瘤纯度

抗肿瘤食物 2025-07-07 09:29抗肿瘤食物wwww.zhongliuw.cn

肿瘤纯度（Tumor purity）是指肿瘤样本中癌细胞所占的比例，反映了肿瘤组织中非肿瘤成分（如基质细胞、免疫细胞等）的混杂程度。高纯度样本中癌细胞占比更高，而低纯度样本则含有较多非肿瘤细胞成分。

关于ESTIMATE算法计算肿瘤纯度的方法：

1. 核心原理

ESTIMATE（Estimation of STromal and Immune cells in MAlignant Tumours using Expression data）通过分析基因表达数据，识别基质细胞和免疫细胞的特征基因集（各141个基因），分别计算：

基质评分（Stromal score）：反映肿瘤组织中基质细胞的含量；

免疫评分（Immune score）：评估免疫细胞浸润程度；

ESTIMATE评分：综合前两者推断肿瘤纯度，评分越低表示纯度越高。

2. 应用场景

适用于转录组数据（如RNA-seq或芯片数据）；

已广泛应用于TCGA等大型肿瘤数据库的分析。

3. 与其他方法的对比

基于甲基化数据：如InfiniumPurify R包；

基于拷贝数变异：如ABSOLUTE、Sequenza工具。

ESTIMATE的优势在于无需额外实验数据，仅需基因表达谱即可快速评估肿瘤微环境组成，但其准确性依赖于特征基因集的适用性。