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肿瘤基因文献热图怎么看

胃癌 2025-11-03 10:57胃癌治疗www.zhongliuw.cn

一、热图基本结构

1. 行列含义

  • 行通常代表基因,列代表样本或临床分组
  • 颜色深浅表示基因表达量高低(如红色高表达,蓝色低表达)
  • 2. 注释信息

  • 上方/侧边的彩色横条标注样本分组(如肿瘤vs正常组织)
  • 可能包含突变类型、临床特征等附加注释
  • 二、核心分析要点

    1. 表达模式识别

  • 观察基因在特定样本组中的表达趋势(如肿瘤组集中高表达)
  • 通过色块分布判断差异表达基因
  • 2. 聚类分析

  • 树状图显示基因或样本的相似性分组
  • 样本聚类可揭示潜在亚型,基因聚类提示功能关联
  • 3. 特殊热图类型

  • 突变全景图:展示高频突变基因及其与临床特征的关联
  • CNV热图:红色表示拷贝数扩增,蓝色表示缺失
  • 三、实用技巧

    1. 数据预处理

  • 注意是否经过Z-score标准化(图例对称分布提示标准化)
  • 低表达基因可能被过滤以提高信噪比
  • 2. 工具推荐

  • 使用R语言`pheatmap`或`ComplexHeatmap`包生成高级热图
  • 在线平台如BioLadder可快速绘制基础热图
  • 四、生物学意义挖掘

  • 结合功能富集分析解读基因簇的生物学通路
  • 关注离群样本或基因的特殊表达模式
  • 通过系统分析这些要素,可有效提取热图中的关键生物学信息。具体案例可参考文献中的标准图示(如)。

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